El tratamiento es determinante para impedir las principales complicaciones de la enfermedad. Los psiquiatras disponen de medicamentos que frenan las fases de euforia y otros que ayudan a superar la depresión. También existen medicinas que reducen la frecuencia de recaídas o bien la intensidad de éstas.

Ninguna de éstas sustancias produce dependencia contrariamente a lo que la mayoría de la población piensa. Una de las más importantes es el litio. Este tiene un efecto preventivo sobre las recaídas ya que limita las oscilaciones normales del humor impidiendo que se llegue a un límite patológico. Aunque el litio se encuentra en cantidades muy pequeñas en el organismo humano los pacientes bipolares parecen precisar cantidades mayores que las que normalmente obtenemos en los alimentos. El litio es lo que llamamos un medicamento eutímico, es decir, que ayudan a mantener el humor dentro de lo normal. Aunque es una sustancia simple y se pueda obtener en los alimentos, su administración debe estar controlada siempre por un psiquiatra y se debe determinar su concentración en sangre cada cierto tiempo.

Existen medicamentos específicos para tratar las etapas depresivas. Este tipo de fármaco está clasificado como inhibidores de la recaptación de serotonina, más conocidos como ISRS. Se prescriben no sólo para trastorno bipolar sino también para el tratamiento de depresión, trastorno de estrés postraumático y trastornos de pánico y ansiedad. Algunos estudios indican que la depresión puede tener origen en un desequilibrio de una sustancia química neurotransmisora del cerebro que se conoce con el nombre de serotonina. Este tipo de fármacos está diseñado para ampliar el uso de la serotonina en el cerebro y así mejorar el envío de los impulsos nerviosos, con la esperanza de tratar los síntomas de la depresión.